El Departamento de Antropología ha priorizado la investigación en sus tres áreas antropológicas - Antropología Social, Antropología Física y Arqueología- manteniendo una permanente vinculación con especialistas del país o del extranjero en otras disciplinas vinculadas al fenómeno humano, con el propósito de construir un saber científico interdisciplinario y contribuir a una comprensión más compleja de los problemas de nuestra sociedad.

Desde 1992, el departamento comienza a ejecutar diversos Programas de Investigación apoyados en fuentes de financiamientos de organismos internacionales y nacionales, los que permiten la formación de ayudantes, generación de publicaciones y tesis de pre y postgrado.

Actualmente, los académicos que integran la unidad participan de proyectos de investigación financiados principalmente por el Fondo de Desarrollo de la Ciencia y la Tecnología (FONDECYT), la Dirección de Investigación y Desarrollo (DID) y otras fuentes externas nacionales e internacionales.

Actualmente, las líneas de investigación que promueve el departamento responden a las líneas de desarrollo establecidas por la Facultad de Ciencias Sociales para cada uno de los departamentos que lo componen, y son las siguientes:

• Antropología Social aplicada a temas de desarrollo, modernización y cambio social
• Estudios Étnicos y de Identidad Cultural- Antropología de Género
• Patrimonial
• Arqueología regional y Metodología arqueológica
• Bioantropología de poblaciones prehistóricas
• Antropología y Arqueología Forense