CAPs nace en 1972 como Centro de Atención Psicológica en el antiguo Pedagógico de la Universidad de Chile, hoy Universidad Metropolitana de Ciencias de la Educación (UMCE). El centro constituía una de las unidades de trabajo académico e investigación del Departamento de Psicología y atendía principalmente a alumnos y funcionarios, no existiendo la atención al público en general.

En Septiembre de 1973, debido al golpe de estado, la labor del CAPs se vio interrumpida hasta el primer semestre de 1974. Desde 1975 hasta 1980, el centro funcionó bajo un nuevo nombre: Centro de Práctica Profesional, CENPRAPS, destinado como lugar de trabajo para alumnos en práctica de la carrera de psicología. En el CENPRAPS existían dos grupos de trabajo, uno enfocado a la Psicología Humanista, a cargo del profesor Gabriel Reyes, el otro a la Psicología Cognitiva, encabezado por Gabriela Brahms y Elida Picota, docentes. A estos grupos se sumaba el funcionamiento de una unidad de psicología infantil y otro equipo de trabajo en el modelo conductual.

En los años siguientes a 1980, la Escuela de Psicología se traslada hacia el Campus La Reina (Facultad de Filosofía y Humanidades) y a la sede Amunátegui en Santiago Centro. A partir de 1985 las oficinas del profesorado se ubican en el Campus Andrés Bello, mientras las clases de psicología se realizaban en un edificio de calle Marcoleta, conocido popularmente como "La Placa", frente al Hospital Clínico de la Universidad Católica. En tal lugar se retoma la labor del centro, suspendida durante los anteriores traslados, con su nombre original de Centro de Atención Psicológica (CAPs). Este nuevo proyecto surge bajo la supervisión del profesor Juan Yáñez y la profesora Iris Gallardo.

Con la construcción del nuevo edificio de la Facultad de Ciencias Sociales, en el campus Juan Gómez Millas de Ñuñoa en 1993, el CAPs se traslada a sus actuales dependencias, ubicándose en el subsuelo de la facultad. En dicho lugar, mantiene su sigla, pero pasa a llamarse Centro de Psicología Aplicada, pues la organización y los objetivos del centro se amplían para propiciar el trabajo y desarrollo de distintas áreas de la psicología.

El Proyecto CAPs de 1991 surgió en un contexto histórico de transformación institucional del país debido al retorno a la democracia. Dicho proceso no fue ajeno a las propias políticas de la Universidad de Chile: "las nuevas condiciones generales del desarrollo del país, han repercutido en la transformación de sus instituciones, las que deben adaptarse a los nuevos requerimientos, tanto de las políticas económicas como sociales. La Universidad de Chile debe ser... un agente de progreso y bienestar para la sociedad a través de sus funciones: Investigación, Docencia y Extensión" (Proyecto CAPs 1991).

El 10 de julio de 1997, durante la dirección del profesor Juan Yáñez, se crea oficialmente el CAPs mediante un decreto de facultad. Posteriormente han sido directores los profesores Decio Mettifogo, Hugo Rojas y nuevamente Juan Yáñez, período en el cual el centro retoma el nombre Clínica de Atención Psicológica.

Desde el segundo semestre de 2009 hasta marzo de 2012 asume el cargo la profesora Laura Moncada, luego el director de CAPs para el período 2012-2013 fue el profesor Felipe Gálvez. Para el periodo 2014-2015 el coordinador académico responsable de la dirección de la clínica es el Profesor Juan Yáñez.

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